제주흑우가 혈통등록 및 관리체계 확립으로 엄격하게 관리된다.

 현재 제주에는 제주흑우 보호․육성을 위하여 243마리가 한국종축개량협회 심사를 거쳐 도내에서 등록관리되고 있다.

 제주흑우 품종정립을 위해 2007년 11월에 농림수산식품부가 주관이 되어 외모 심사기준이 확정되었고, 그 후 등록규정이 제정 공포되었다.

 제주도 축산진흥원에서는 제주흑우 보호․육성 특별법과 조례를 제정하여 법적, 제도적 체계를 마련하였으며,혈통정립을 위해 농가에서 사육하고 있는 제주흑우 전체에 대한 실태조사와 유전자 분석을 통해 2009년과 2010년 두차례에 걸쳐 등록을 실시했다.

 이번 등록은 세 번째 추진하는 것으로 농가 보유 124마리와 축산 진흥원에 있는 31마리를 포함 총 155마리가 등록심사 대상이며, 혈액에서 DNA를 분리 하고 친자감별을 완료했다.

 앞으로 축산진흥원에서는 혈통관리를 위하여 매년 2차례씩 농가 송아지 생산 조사와 유전자분석을 통해 혈통관리 및 등록을 추진하여나가고 혈통자료를 기반으로 능력개량을 위한 교배체계 확립, 우수종축 선발 보급을 통해 특산품으로 거듭날수있도록 심혈을 기울여나갈 계획이라고 밝혔다.

 제주흑우는 일반한우에 비해서 가격이 9~10배가량 고가인 5천여만원에 달하며 유일하게 서울 현대백화점에서 판매되고 있다.